Types & classes — github.com/Daniel-Liu-c0deb0t/UMICollapse

CodeHub MCPcopy Create free account

hub / github.com/Daniel-Liu-c0deb0t/UMICollapse / types & classes

Types & classes69 in github.com/Daniel-Liu-c0deb0t/UMICollapse

⨍ Functions 292◇ Types & classes 69

src/test/AddUMITag.java:16

src/umicollapse/algo/Adjacency.java:16

src/umicollapse/algo/Algo.java:3

InterfaceAlgorithm

src/umicollapse/algo/Algorithm.java:12

ClassAlignReads

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:609

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:661

src/umicollapse/merge/AnyMerge.java:5

ClassAvgQualMerge

src/umicollapse/merge/AvgQualMerge.java:5

src/umicollapse/data/BKTree.java:11

ClassBenchmarkTime

src/test/BenchmarkTime.java:15

src/umicollapse/util/BitSet.java:5

ClassClusterStats

src/umicollapse/util/ClusterTracker.java:74

ClassClusterTracker

src/umicollapse/util/ClusterTracker.java:9

src/umicollapse/data/Combo.java:13

ClassCompareDedupUMI

src/test/CompareDedupUMI.java:17

ClassConnectedComponents

src/umicollapse/algo/ConnectedComponents.java:16

src/umicollapse/data/Data.java:3

InterfaceDataStructure

src/umicollapse/data/DataStructure.java:8

ClassDeduplicateFASTQ

src/umicollapse/main/DeduplicateFASTQ.java:25

ClassDeduplicateSAM

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:31

ClassDirectional

src/umicollapse/algo/Directional.java:17

src/umicollapse/util/FASTQRead.java:11

ClassFenwickBKTree

src/umicollapse/data/FenwickBKTree.java:12

src/umicollapse/data/SortNgramBKTree.java:267

src/umicollapse/data/SortBKTree.java:211

ClassGenerateManyRandEdits

src/test/GenerateManyRandEdits.java:18

ClassGenerateRandEdits

src/test/GenerateRandEdits.java:18

src/umicollapse/data/Ngram.java:93

src/umicollapse/data/SortNgramBKTree.java:202

src/umicollapse/data/NgramBKTree.java:190

src/umicollapse/main/Main.java:15

ClassMapQualMerge

src/umicollapse/merge/MapQualMerge.java:6

src/umicollapse/merge/Merge.java:5

src/umicollapse/data/Naive.java:12

src/umicollapse/data/Ngram.java:13

ClassNgramBKTree

src/umicollapse/data/NgramBKTree.java:13

src/umicollapse/data/ParallelFenwickBKTree.java:91

src/umicollapse/data/SortNgramBKTree.java:131

src/umicollapse/data/ParallelBKTree.java:70

src/umicollapse/data/Trie.java:112

src/umicollapse/data/FenwickBKTree.java:160

src/umicollapse/data/BKTree.java:126

src/umicollapse/data/NgramBKTree.java:119

src/umicollapse/data/SortBKTree.java:135

ClassPairedAlignment

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:619

ClassParallelAdjacency

src/umicollapse/algo/ParallelAdjacency.java:19

InterfaceParallelAlgorithm

src/umicollapse/algo/ParallelAlgorithm.java:12

ClassParallelBKTree

src/umicollapse/data/ParallelBKTree.java:10

ClassParallelBenchmarkTime

src/test/ParallelBenchmarkTime.java:15

ClassParallelConnectedComponents

src/umicollapse/algo/ParallelConnectedComponents.java:17

InterfaceParallelDataStructure

src/umicollapse/data/ParallelDataStructure.java:8

ClassParallelDirectional

src/umicollapse/algo/ParallelDirectional.java:19

ClassParallelFenwickBKTree

src/umicollapse/data/ParallelFenwickBKTree.java:11

ClassParallelNaive

src/umicollapse/data/ParallelNaive.java:11

src/umicollapse/util/Read.java:6

src/umicollapse/util/ReadFreq.java:3

ClassReversedRead

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:469

src/umicollapse/util/SAMRead.java:8

ClassSortBKTree

src/umicollapse/data/SortBKTree.java:12

ClassSortNgramBKTree

src/umicollapse/data/SortNgramBKTree.java:14

ClassSymmetricDelete

src/umicollapse/data/SymmetricDelete.java:14

ClassTestBitSet

src/test/TestBitSet.java:6

ClassTestDataStructures

src/test/TestDataStructures.java:12

ClassTestParallelDataStructures

src/test/TestParallelDataStructures.java:12

src/test/TestUtils.java:15

src/umicollapse/data/Trie.java:14

src/umicollapse/util/UmiFreq.java:3

src/umicollapse/util/Utils.java:3

src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java:521