research-units-pipeline-skills

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一套面向研究写作与资料整理的人机协作系统。

这个仓库把两件事组合在一起：一组会读、会综述、会评审、会写作的研究技能 （skills），以及一层把过程落到文件里的执行约束（harness）。它适合在 Codex 这类 coding agent 中运行研究工作流。它的重点不是替人完成所有研究，而是把一次研究请求 推进成一个可落盘、可检查、可恢复、可审计、可继续改进的工作区（workspace）。

最短链路是：

intent -> workflow -> workspace -> unit -> skill -> artifact -> audit -> improvement

它不是通用 workflow engine，不是 prompt 集合，也不是“完全自主科学家”的宣称。 它的边界更务实：让模型处理语义阅读和写作，同时让研究过程留下足够清晰的中间产物， 方便人类检查、恢复、修复和复用。

它能产出什么

当你想要的不是一段聊天回答，而是一套有文件、有 checkpoint、有可复核证据的研究 交付物时，用这个仓库。

目标	使用路径	主要交付物
证据优先的文献综述	arxiv-survey	output/DRAFT.md
带 LaTeX/PDF 交付的综述	arxiv-survey-latex	output/DRAFT.md, latex/main.pdf
从一个主题生成课程论文或期末报告	复用 arxiv-survey 生成 Markdown，或复用 arxiv-survey-latex 生成 PDF；这不是单独的新 workflow	报告草稿，可选 PDF
快速主题研究简报和阅读路径	research-brief	output/SNAPSHOT.md
单篇论文 critique / referee-style review	paper-review	output/REVIEW.md
按 protocol 做证据筛选、提取和结论整合	evidence-review	output/SYNTHESIS.md
基于文献的研究 idea	idea-brainstorm	output/REPORT.md, output/REPORT.json
从网页、PDF、笔记、repo docs 生成教程	source-tutorial	output/TUTORIAL.md, PDF, slides
中文毕业论文材料组织引导	graduate-paper	论文工程材料

多数使用者只需要选择一条使用路径，然后检查 workspace 里的输出。维护者才需要深入 这些路径背后的可执行合同、项目内 skills、harness 脚本和校验规则。

一次运行如何工作

flowchart TD
    A["User intent"] --> B["可执行 workflow contract 或研究阶段设计"]
    B --> C["Workspace 账本"]
    C --> D["Units"]
    D --> E["Project skills"]
    E --> F["Artifacts"]
    F --> G["Harness audit"]
    G --> H["Deliverable"]
    G --> I["改进记录"]
    I --> B

• workflow 是面向用户的产品路径，比如 paper-review。
• workspace 是 workspaces/<name>/ 下的一次运行目录。
• unit 是 UNITS.csv 里一个小而可检查的步骤。
• skill 是 .codex/skills/ 下的可复用研究或写作能力。
• artifact 是中间或最终文件，通常是 Markdown、CSV、YAML、JSON、TeX 或 PDF。
• audit 是对 workspace 状态、run 状态或输出质量的有限范围检查。
• improvement 把薄弱输出映射回具体修复面：skill、pipeline、artifact、 validator 或 decision。

这个项目最核心的设计选择是 artifact-first。模型不应该靠聊天上下文记住整条复杂 研究流程，而应该把状态、证据和决策写入文件，让人类和后续 unit 都能继续使用。

快速开始

在这个仓库里启动 agent session，然后直接描述你要的结果：

下面示例保留英文 workflow 名称；具体要求可以用中文写。

Use paper-review to critique this manuscript and give me a lab-style review.

使用 paper-review 评估这篇论文：请先抽取主要 claims，再指出 evidence gap、novelty 风险和最终建议。

Use research-brief to explain test-time adaptation for robotics and produce a reading path.

Use source-tutorial to turn these webpages and repo docs into a tutorial with PDF and slides.

Write an arxiv-survey-latex survey about embodied agents and show me the outline first.

Use arxiv-survey-latex to write a compact course paper on robot learning. Keep the outline reviewable before drafting and target a final PDF.

如果你想更精确地控制执行路径，可以直接点名可执行 pipeline contract：

• pipelines/arxiv-survey.pipeline.md
• pipelines/arxiv-survey-latex.pipeline.md
• pipelines/research-brief.pipeline.md
• pipelines/paper-review.pipeline.md
• pipelines/evidence-review.pipeline.md
• pipelines/idea-brainstorm.pipeline.md
• pipelines/source-tutorial.pipeline.md

研究阶段设计文档：

• pipelines/graduate-paper-pipeline.md

功能说明：

使用路径	English	中文
arxiv-survey / arxiv-survey-latex	Guide	说明
research-brief	Guide	说明
paper-review	Guide	说明
evidence-review	Guide	说明
idea-brainstorm	Guide	说明
source-tutorial	Guide	说明
graduate-paper	Guide	说明

架构分层

这个仓库有两个相互配合的层。

Skills 负责语义研究行为：

• 读什么输入或材料；
• 写什么 artifact；
• 使用什么验收标准；
• 遵守哪些 guardrails。

Harness 负责确定性的执行支撑：

• workspace 初始化和恢复；
• pipeline contract 校验；
• unit 执行；
• doctor、audit、improve、pack 命令；
• output manifest 和 report schema；
• repo 级测试与 readiness checks。

扩展项目时请保持这个分工：研究判断放在 skills，可重复的检查、恢复和编排放在 harness。

完整架构图和当前功能图见 docs/AUTO_RESEARCH_DESIGN_SYSTEM.md。

当前状态

当前 workflow family 是：

• Survey：arxiv-survey、arxiv-survey-latex
• Orientation：research-brief
• Review：paper-review、evidence-review
• Ideation：idea-brainstorm
• Tutorial：source-tutorial
• Thesis：graduate-paper

其中 7 条 workflow 已经有 pipeline contract、unit template 和 harness validation。 graduate-paper 仍然是中文毕业论文组织引导：有 thesis-oriented skills 和设计 材料，但还不是严格的可执行 pipeline。

课程论文和期末报告现在被视为 survey 的使用场景 overlay，而不是单独新增 workflow family。 如果只需要 Markdown 草稿，用 arxiv-survey；如果课程最终需要 PDF，用 arxiv-survey-latex。

维护者路线图目前集中在 paper-review：完成一个 Auto Review workspace，包括 semantic rubric、scorecard、final review、audit、improvement report 和 artifact pack。这里面有些 proof artifact 目前还不是 paper-review pipeline contract 的硬性 产物；下一阶段应该先围绕当前 contract 跑出完整 proof，再决定是否把这些产物提升为 contract 要求。这里的 artifact pack 指的是一份交付物 manifest，用来说明这次 run 哪些文件构成了可检查、可迁移的结果。在这个 proof 出来之前，不建议新增 workflow family。

当前 workflow catalog 和成熟度见 docs/PIPELINE_TAXONOMY.md。

开发者入口

这一节给维护者使用。当你修改 pipeline contract、skill IO、workspace artifact、 schema 或 validation rule 时，使用这些检查：

uv run python scripts/validate_repo.py --no-check-quality --strict
uv run python scripts/readiness_audit.py --progress workspaces/harness-upgrade/GOAL_STATUS.md --strict
uv run python scripts/audit_skills.py --fail-on WARN
uv run --extra test python -m pytest -q
uv run python scripts/audit_skills.py --review-category template_placeholder --limit 20
uv run python scripts/audit_skills.py --summary-only
uv run python scripts/generate_skill_graph.py

Workspace 诊断命令：

uv run python scripts/pipeline.py doctor --workspace workspaces/<name> --write
uv run python scripts/pipeline.py audit --workspace workspaces/<name> --write
uv run python scripts/pipeline.py improve --workspace workspaces/<name> --write
uv run python scripts/pipeline.py pack --workspace workspaces/<name> --write

doctor 诊断 workspace 状态。audit 汇总 run。improve 把缺陷映射到修复面。 pack 生成交付物 manifest。

阅读地图

• docs/AUTO_RESEARCH_DESIGN_SYSTEM.md： 系统模型和架构图。
• docs/PIPELINE_TAXONOMY.md：workflow catalog、 成熟度和下一阶段 proof。
• docs/PROJECT_LANGUAGE.md：workflow、workspace、 unit、artifact、audit、improvement 的项目内统一语言。
• docs/HARNESS_ROADMAP.md：当前产品和工程方向。
• docs/HARNESS_READINESS.md：本地检查和 readiness 标准。
• docs/SCHEMAS.md：生成报告的 schema 名称。
• docs/adr/：架构决策记录。
• SKILL_INDEX.md：skill 索引。
• SKILLS_STANDARD.md：skill 编写标准。

多语言功能文档入口页放在 readme/README.*.md。

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